新修訂的《海關稽查條例》主要修改內容有：
  一是增加了對海關實施稽查具有保障和支撐作用的基礎性措施?！稕Q定》規定，海關根據稽查工作需要，可以向有關行業協會、政府部門和相關企業等收集特定商品、行業與進出口活動有關的信息，并根據有關企業、單位的進出口信用狀況和風險狀況確定海關稽查重點。
  二是進一步規范和優化海關稽查程序?！稕Q定》將海關不經事先通知進行稽查的情形明確限定為被稽查人有重大違法嫌疑，其賬簿、單證等有關資料以及進出口貨物可能被轉移、隱匿、毀棄等緊急情況;將稽查報告送被稽查人征求意見的情形限定為“稽查報告認定被稽查人涉嫌違法”，并僅就“稽查報告認定的事實”征求意見。《決定》取消了使用計算機記賬、核算的有關企業、單位應當將會計記錄打印成書面記錄保管的規定;還刪去要求有關企業、單位向海關報送進出口貨物購買、銷售、加工、使用、損耗和庫存情況資料的規定。
  三是完善海關稽查職權和措施。《決定》增加了扣押強制措施方面的規定，并明確可以查封、扣押相關電子數據存儲介質;同時增加了海關可以委托會計、稅務等方面的專業機構就相關問題作出專業結論的規定;被稽查人委托專業機構作出的專業結論，可以作為海關稽查的參考依據。
  四是寬嚴相濟懲處違法行為?！稕Q定》提高了對違法行為的罰款數額。同時規定，與進出口貨物直接有關的企業、單位主動向海關報告其違反海關監管規定的行為，并接受海關處理的，應當從輕或者減輕行政處罰。
  與舊條例相比，新修訂的《海關稽查條例》將“推行簡政放權、激發企業和市場活力”作為一項重要的內容，將會對自治區外貿企業產生深遠影響。
  新修訂的《海關稽查條例》明確了企業主動披露制度成為一個亮點。該制度鼓勵企業對海關尚未發現的問題主動上報，促進企業自我規范、誠信經營，使海關與企業由過去單一的管理者與被管理者的關系轉變為共同管理。此外，引入社會專業機構參與海關稽查，是新修訂的《海關稽查條例》的另一大亮點，這對于整合利用社會資源、提高公共服務水平和效率具有重要意義。
  “新稽查條例的實施，有利于創新海關監管實現方式，促進自治區進出口企業守法規范經營，保障被稽查企業合理權利，進一步降低企業負擔。”